中国微生物军总裁查询网食品用菌种按照用途，可分为可直接食用菌种和食品发酵用菌种两类。主要可用于食品中的一种或多种活的微生物(包括细菌、真菌和酵母)，经发酵培养、分离、干燥或不干燥等工序制成的产品。
标准规定可用于食品的菌种名单主要包括：双歧杆菌属、乳杆菌属等十大类共35种，包括了酸奶中常见的嗜热链球菌、保加利亚乳杆菌等。另外还规定了可用于婴幼儿食品的菌种名单，主要包括，嗜酸乳杆菌、动物双歧杆菌、乳双歧杆菌、鼠李糖乳杆菌、发酵乳杆菌、短双歧杆菌、罗伊氏乳杆菌。（这些菌种仅限用于1岁以上幼儿的食品。）。在食用前都要经安全性评价后确认为安全的菌种，确保其对人体健康不造成任何的潜在性危害才可以加工食用。
标准还对菌种的一些感官要求、活菌总数、微生物限量做出了规定。在感官要求方面规定，产品具有应有的色泽，气味具有菌种的特有气味，无腐败，无异臭，组织状态呈现混悬液、冻状或块条状固体、粉末或颗粒，无肉眼可见外来物;在活菌总数方面应≥1×108/CFU/g(mL)。在微生物限量方面 ，规定不得有沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、单核细胞增生李斯特氏菌的存在。
嗜酸乳杆菌 bio-78170 ATCC832 Lactobacillus acidophilus
鼠李糖乳杆菌 bio-79975 ATCC 27773 Lactobacillus rhamnosus
双发酵乳杆菌 bio-80229 ATCC 35409 Lactobacillus bifermentans
短双歧杆菌 bio-80100 ATCC 15701 Bifidobacterium breve
罗伊氏乳杆菌 bio-67711 ATCC 23272 Lactobacillus reuteri
嗜酸乳杆菌 bio-78170 ATCC832 Lactobacillus acidophilus
动物双歧杆菌亚种 bio-091499 ATCC 700541 Bifidobacterium animalis subsp