首先跟大家普及一下什么是16S rRNA：
16S rRNA基因是细菌上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌的基因组中。16S rRNA具有高度的保守性和特异性以及该基因序列足够长（包含约50个功能域）。随着PCR技术的出现及核酸研究技术的不断完善，16S rRNA基因检测技术已成为病原菌检测和鉴定的一种强有力工具。数据库的不断完善，应用该技术可以实现对病原菌进行快速、微量、准确简便地分类鉴定和检测。该技术主要有三个步骤：首先是基因组DNA的获得，其次是16S rRNA基因片段的获得，最后是进行16S rRNA基因序列的分析。
16S rRNA具有多项功能：
1.对于核糖体蛋白的固定起到脚手架的作用。
2.3'末端包含反向的SD序列，用来与mRNA的AUG起始密码子结合。16S rRNA的3'端与S1、S21的结合被发现与蛋白质合成的开始有关系。
3.与23S进行交互，帮助两个核糖体子单元的结合。（50S+30S）
4.在A site 稳定密码子与反密码子的正确配对。
任何微生物实验室都有可能会涉及到微生物鉴定，例如临床实验室确认病原体、微生物科研中确认某种菌的身份、医疗产品制造商确定环境分离菌对灭菌过程的影响以及生物指示剂中的孢子种类的确认。
遗传信息在微生物的整个生命周期中都是保守的。它与微生物处于哪个生长阶段甚至微生物是否存活都是无关的，是目前最可靠的进行细菌鉴定的资源。16S rRNA遗传分析是目前被广泛接受的微生物鉴定方法。16S rRNA普遍存在于原核生物中（真核生物中其同源分子是18S rRNA）。 由于16S rRNA基因核苷酸序列总长度适宜、结构完整、更便于对细菌进行各种研究。设计一对引物，以16S rRNA为靶分子在适当条件下进行PCR扩增，便得到扩增后的16S rRNA片段，用链终止法或化学降解法对片段进行测序，序列与基因库中的片段比对，便得知未知菌与基因库中其他菌的相似性，从而完成对菌的鉴定。
16S rRNA遗传分析是Meas Labs SGM质量控制过程中的一个重要内容。在SGM，从16S rRNA遗传分析结果不仅对物种确认有价值，还可以用于验证不同批次生物指示剂孢子的遗传一致性。SGM认为细菌孢子的抗性性能与孢子内的遗传信息直接相关。SGM将嗜热脂肪芽孢杆菌的五个单独的孢子在不同的时间培养六个月，没有产生可观察到的遗传变异，这点是保证SGM生物指示剂产品一致性的重要控制措施之一。
许多实验室喜欢使用表型方法，如生化测试或脂肪酸分析以鉴定微生物。一些质粒携带的表型特征会因为质粒的丢失或增加而导致表型性状的获得或丧失。典型的例子是萎缩芽孢杆菌（B. atrophaeus ATCC 9372），该微生物最明显的表型特征是在添加葡萄糖的琼脂上可以形成橙色菌落，在添加酪氨酸的琼脂上可以形成黑色菌落。因此，它最初的命名是Bacillus subtilis var niger strain globigii。然而，萎缩芽孢杆菌现在已经失去了这些特征，在补充葡萄糖和酪氨酸的琼脂上，菌落均为白色。所以，该菌的确认需要使用遗传鉴定方法。
使用16S rRNA进行分析的遗传技术被证明是最可靠的用于微生物鉴定的方法。 SGM的目标是为客户提供最一致的生物指示剂产品。 用于生产SGM生物指示剂的每个孢子都是使用该方法进行确认的。 SGM Biotech实验室培养了许多不同的种属的细菌孢子，用于生物指标制造。常见的孢子形成菌包括用于监测蒸汽和过氧化氢蒸气灭菌的嗜热脂肪芽孢杆菌ATCC 7953和ATCC 12980，用于监测环氧乙烷和干热灭菌的萎缩芽孢杆菌ATCC 9372，用于监测辐射灭菌的短小芽孢杆菌ATCC 27142，用于监测低温蒸汽灭菌的凝结芽孢杆菌ATCC 51232、枯草芽孢杆菌“5230”ATCC 35021和生孢梭菌ATCC19404。