微生物菌肥施入土壤后，可以将贫瘠的土壤改造为肥沃的良田，使化肥利用率提高一倍；微生物可以构成农作物的“肠胃”，为作物提供关键营养，协助作物抵抗病虫的侵害，确保作物茁壮生长和稳定的增产效果。
1、微生物参与构成农作物的“肠胃”
根系、根基微生物和根际土壤一起组成了作物的“肠胃”，很多有益微生物与根系形成互补共生关系，在作物各种营养的转化和吸收过程中发挥着主要作用，矿物质元素多数依靠微生物的活动变为作物可吸收的状态。
菌根真菌在土壤中为植物根系组建了一张庞大的互联网络，让植物根系与土壤紧密相连，无数的枢纽为植物根系的吸收插上翅膀，帮助植物能更迅速的吸收养分和水分。
根瘤菌在植物根部组建一个个“氮工厂”名为根瘤，它们将空气中的氮加工成可供植物吸收的氨态氮，源源不断的输送给植物。根瘤制造的氮肥天然无污染，对豆科植物生长有良好作用。
由此可见，微生物在农作物吸收、转化土壤中的营养元素过程中起到至关重要的作用，是农作物当之无愧的“肠胃”。
2、微生物为农作物提供关键营养
微生物分解动物残体，直到将其分解为无机物，然后这些无机物又重新被植物体所吸收利用。科学研究发现，微生物分解有机物的生命活动过程中可以产生很多有机小分子，这些有机小分子可以直接被作物吸收利用，对植物的生长起到了关键作用。
微生物的代谢产物如各种维生素、植物激素（生长素、赤霉素、细胞分裂素、脱落酸）等也均是有机小分子，它们对农作物的各种生长发育过程发挥着重要的促进和调节作用。如硅酸盐细菌可以分泌促进植物生长的赤霉素、生长素和其它活性物质；固氮菌可以分泌维生素B1、维生素B2、维生素B12等多种维生素，这些生长刺激素对作物的生长发育有一定的调节和促进作用。 3、有益微生物协助抵抗病虫侵害
科学研究发现，附着在农作物的根、径、叶表面及其体内，一起生活的微生物有1000种以上，这些微生物绝大部分无害，其中很多对农作物有益，极少数微生物是病原菌。
农作物能够与很多有益菌建立协作共生的关系，以菌根真菌举例，这些真菌与农作物形成共生关系，根系分泌物为其提供部分养分，真菌在作物根系表面生成一层坚韧的菌膜，这保护了根系免遭病原菌侵染，真菌的分支很长，可以吸收更多营养与根系分享。
正常情况下，健康的农作物处于有益菌占据主导地位的微生物环境下，有益菌通过竞争食物和空间限制病原菌的生长，有些有益菌的分泌物可以直接抑制甚至杀灭病原菌，比如大名鼎鼎的青霉菌分泌的青霉素可以杀死病原菌。
只有在特定的条件下，病原菌才会侵染泛滥，尤其是农作物生存在恶劣的土壤环境时，根系发育不良，整体不健康，微生物平衡被破坏，这时最容易受到侵染。人们利用有益微生物可以构建对作物有益的环境，大大减少病虫害，减少农民的烦恼。
具有四大特点：全面的分解能力、全面丰富的营养供应能力、促进作物生长、协助防控病虫害。
多种营养功能菌组成后勤补给部队，如乳酸菌、酵母菌、光合细菌； 多种分解功能菌组成综合防御保障部队，如地衣、巨大、枯草等多种好氧芽孢杆菌，多种厌氧解纤维芽孢菌。