微生物菌肥分为单菌微生物菌肥和多菌复合微生物菌肥。目前市场上以复合微生物菌肥居多。是一种新型的肥料，近几年备受广大用户的青睐和认可，特别是连茬种植的地区和蔬菜区，由于图传问题严重，对作物的影响较大。生物菌肥可用于浸种、蘸根、混拌底肥、沟施、穴施，生物菌肥使用越早越好。主要是因为生物菌肥是“活体肥料”，大量的有益菌已经施入土壤，就会快速繁殖。但有益菌容易受地温、湿度、光照等因素的影响，所以要规范、合理使用，只有使用方法对了，才能更好的发挥效果而不浪费。
1、从苗期开始使用，效果最好。在小苗定植之前2—3天均匀混拌基质，并保持基质湿润，可让菌剂提前在基质或土壤内繁殖，待定植小苗后，覆盖薄膜，有利于防止杂菌混入。微生物菌肥用的越早越好，主要原因是用的早，有益菌在土壤或基质内就会有充足的繁殖时间，以增加有益菌在土壤内的占有率，并抑制杂菌的繁殖，从而改善土壤生长环境，改善土壤酸化、板结、盐渍化等一系列的土壤问题。另外，微生物菌肥还可以提高植物的抗逆能力、甚至有些菌还具有杀虫杀菌的能力，同时还能分泌一些促生长、发根的刺激素，这都给植物生长带来较大的益处。
2、定植穴施或沟施穴施，能够将有限的菌肥在一定范围内增加活体有益菌，另外能够使有益菌能更快的通过繁殖来保护植物的根系，所以穴施是最佳的方法。特别是一些新栽的植物如苗木、大树、蔬菜苗等、新栽的根系一般都有损伤，通过穴施，可使有益菌快速抢占根部土壤，保护有害菌无法通过伤口危害根系，从而使根系快速回复，植物体以最短时间恢复正常生长。但要注意的是，不能和高氮肥或未经腐熟的有机肥一起使用并穴施根部，高氮肥和未经腐熟的有机肥对有益菌危害较大，容易影响菌的成活率。施入后及时覆土。
3、混拌底肥、有机质旋耕进土下如果是在田地或绿化工程用地使用微生物菌肥，特别是以前没有使用过微生物菌肥的地块，建议第一次使用时加大用量，然后用旋耕机进行旋耕翻匀。主要原因是田地长期种植相同的作物，就会打破土壤营养平衡；而绿化用地多是垃圾土、生土、扰乱土等，这些土壤受污染严重且营养匮乏，加量使用有利于加快土壤改良和营养平衡，使植物长势更好，产量更高。
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