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肠道菌群及其活动对宿主有很大的影响，主要有以下作用：
一、生物屏障作用：正常菌群在肠道中构成机体重要的生物屏障，维护肠道生态的稳定，抵御外来的有害细菌。主要通过占位性保护、营养竞争、产生抗菌物质等机制发挥屏障功能。肠道细菌和肠道黏膜上皮细胞紧密结合，形成一层膜菌群，阻碍致病菌和肠黏膜的接触，起到了占位性的保护作用。细菌能够竞争营养供给，支配和消耗营养来源，宿主和正常细菌之间的共生关系能够防止不需要的营养物质过度产生。细菌还会产生被称为细菌素的抗菌物质来抑制致病菌的生长。
二、免疫作用：肠道淋巴组织是最大的免疫细胞群，肠道粘膜是外界环境和免疫系统之间的主要界面，粘膜表面的细菌对宿主免疫系统的发育具有关键作用。研究表明，无菌动物的淋巴系统、抗体形成系统等免疫系统都发育不良，体液免疫、细胞免疫功能都低于普通动物。若外界细菌在肠道内定植，肠道淋巴组织的构成发生变化，肠道上皮、滤泡、粘膜固有层中的淋巴细胞数目增加，血清免疫球蛋白浓度升高。因此，正常的肠道细菌能够刺激宿主免疫器官的发育、清除病原体、增强细胞免疫和体液免疫。
三、代谢作用：食物在消化道的消化，一方面通过消化液、肠蠕动等作用，另一方面还需要肠道细菌参与代谢过程。
四、营养作用：肠道菌群能合成多种维生素供宿主利用，如维生素B族、K族、叶酸等。可以利用氨基酸或非蛋白氮合成氨基酸和蛋白质，具有生物固氮能力。可以促进吸收亚油酸、胆固醇向类胆固醇转变和脱羟基等。能刺激肠黏膜上皮细胞的增殖，对机体消化器官的正常发育有一定作用。当肠道细菌紊乱，肠道内微生物异常繁殖，与宿主竞争营养物质，会导致宿主营养吸收变差。
五、生长、发育和老化：肠道菌群参与机体的生长发育，其组成随着年龄增长而变化。健康婴儿肠道菌群中，双歧杆菌占肠道菌98%，主要为婴儿双歧杆菌；成年后，双歧杆菌不仅数量减少，种类转变成了青春双歧杆菌；老年人的肠道内，双歧杆菌菌数进一步减少，甚至无法检测到，而梭菌等硫化氢产生菌增加，肠道腐败过程加快，有害物质被吸收后，又加速了老化过程。
六、抗肿瘤作用：肠道菌群中双歧杆菌的抗肿瘤作用最显著，直接或间接地清除致癌物质，使致癌物失活；抑制肠道内腐败菌产生的致癌酶；调控诱导肿瘤细胞的凋亡或成熟，诱导肿瘤细胞的老化和异质，促进吞噬细胞的识别和捕杀；具有免疫激活作用，激活机体巨噬细胞的吞噬功能，产生细胞毒性效应分子和介质。另外，双歧杆菌能够通过酸化肠道来促进肠道蠕动，缩短了致癌物质和肠道黏附的接触时间，促进致癌物质的排泄。