对于样品的保存，低温冻存保护可能有助于样品的保存。在比较储存样品和新鲜样品中的微生物组成之前，可以采用一种快速的方法，来评估保护剂的作用，那就是检测一下样品DNA的量，如果DNA量不足，那么你采用的方法也许并不适用于这种微生物的保存。
RNAlater最初是作为一种RNA保存剂，由Qiagen和Thermo Fisher等厂家开发出来的，现在也可以用于保存DNA。
RNAlater是特殊的样品储存液，只要在采样后立即将新鲜样品浸入这种液体试剂，RNlater可以迅速渗透到组织或其他生物样本中，稳定并保护RNA完整而不被降解，确保下游分析得到的数据真实反应样品的表达信息。
人类微生物组计划(Human Microbiome Project)的参与研究人员，来自哈佛大学的计算生物学家Curtis Huttenhower与他的同事们发现在样品收集后，如果没有冰箱，那么可以加入这种保护剂使用。
不过一些用户也报告了RNAlater的缺陷，虽然RNAlater可以用于样品运输，但是这种保护剂会降低Bacteroidetes和Ruminococcaceae两种细菌新鲜提取后的菌群数量。另外就是如果想获得样品高RNA产量，那么就必须先将其去除。Ganz表示，“RNAlater会妨碍样品正常形成颗粒沉淀，因此在去除RNAlater之后，还必须磷酸盐缓冲液进行清洗。”
此外，Woods Hole海洋研究所海洋生物化学家Mak Saito也指出，RNAlater还有一个问题，那就是其高盐含量，因此在一些实验中会令样品清洗成为问题。Saito曾采用这种溶液保存海洋微生物组中的蛋白组成。
对于一些类型的实验样品来说，如果加入低温冻存保护剂就会大幅度改变微生物组成，这样做划不来，比如土壤样品。而对粪便样品而言，有时低温冻存也许并不合适，比如说，用于治疗艰难梭菌感染的样品能在室温下保存长达6个小时，而且还不会引起治疗疗效发生显著变化。
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