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在我国，学术界对于Mycobacteria的翻译比较混乱，“分枝杆菌”与“分支杆菌”一直混用。虽然二者的意思差不多，但对于科学的严谨性而言，分枝和分支的混用不太科学。
《医学主题词注释字顺表（2002年板）》（中国医学科学院、中国协和医科大学医学信息研究所编撰，中国计量出版社出版）、《图书著编译声审校者手册》（北京医科大学出版社出版，1999）和我国菌种保藏委员会的命名中均将Mycobacteria、Mycobacterium、Mycobacterium tuberculosis分别译成分枝杆菌、分枝杆菌属和结核分枝杆菌，并以“分支”为误。国务院自然科学名词审定委员会公布的《医学名词》采用的是“分枝杆菌”。因此，建议国内学者将其统一为“分枝杆菌”。
Koch于1882年最初发现结核病病原菌时称为tubercle bacillus，一般汉译为结核菌或结核杆菌，现多作为俗名使用。Lehman和Neumann于1896年在Atlas of Bacteriology中第一次使用Mycobacterium一词，当时仅包含两个种：Mycobacterium tuberculosis和Mycobacterium leprae。
Mycobacterium tuberculosis一词来源于多种语言。希腊语名词myces意为真菌(fungus)，是因在无表面活性剂的液体培养基培养时，结核菌可呈真菌样丝状或菌丝体菌膜生长而得名。但稍有扰动即断裂成杆状或球状。希腊语bakterion是小杆(samll rod)的意思。因此，mycobacterium 原意是一真菌样杆菌，但并非与真菌有系统发生的相关性。Mycobacterium tuberculosis的tuberculosis来自拉丁字根tuberculum，即小的隆起、结节(small swelling)，而后缀-osis是希腊文的具有某特性的意思。
由此可见，Mycobacterium和Mycobacterium tuberculosis的原名中并无分枝或分支含义在内。对结核病病原菌的形态描述时常用微弯曲、杆状、有时分枝。国内学者在翻译是并非根据原词意译，而是根据病原形态学描述翻译成分枝杆菌。