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参考菌株（reference strain）一般也叫平行菌株，通常根据系统进化树以及前人研究进行选取的。实验研究时，选择哪个菌株作为参考菌株要具有科学性，一般都是将已经研究较多的菌株作为参考菌株。
标准菌株：由国内或国际菌种保藏机构保藏的，遗传学特性得到确认和保证并可追溯的菌株[1]。标准菌株是在给某细菌定名、分类记载和发表时，为了使定名准确和作为分类概念的准则，以纯粹活菌（可繁殖）状态所保存的菌种。
标准菌株也称为模式菌株（type strains），通常需要由至少两个不同国家的专门保藏机构保藏的菌株，一个菌株在同一个保藏机构有且仅有永久保藏号。看一个保藏菌株是否是标准菌株的标志是在菌株名后有一个上标的T (Type)；每种菌可以有多个标准菌株。 例如：红假单胞菌Rhodobacter sphaeroides ATCC 17023T、Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025T、Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029T这三个菌株都属于一个种，但是不同的菌株，因为这三者都在同一个保藏机构，而Rhodobacter sphaeroides ATCC 17023T=Rhodobacter sphaeroides ATH 2.4.1= Rhodobacter sphaeroides DSM 158T=Rhodobacter sphaeroides NCIB 8253T，这四个是同一个种同一株菌，因为它们是同一株菌在不同国家的不同保藏机构保藏。
新标准菌株：当原作者使用的菌株失掉，以后的研究者就新的菌株研究、记载后，确认可以作为国际上正标准菌株的代替菌株时，称该菌株为新标准菌株。
正标准菌株：在标准菌种中，对于从作过原始记载的作者实际分离或应用的菌株，通过营养繁殖获得和保存的菌株，称为正标准菌株。
选定标准菌株：当原作者使用复数菌株，以后的研究者选择其中之一作为最适当的菌株时，称该菌种为选定标准菌株。
标准菌株通常至少定义到属或种的水平，按其特征进行分类和描述，并有明确的来源。标准菌株一旦被确定后，全球的学者都以这个菌株作为标准，与它进行比对，看亲缘关系如何，来定位待测菌株的系统发育地位。