目前已记载过的微生物种数已超过20万，且这一数字还在急剧增加着。当前，以基因组测序和分子生物学为基础的微生物进化规律和亲缘关系已越来越清楚，从而把传统上以形态、生理等表型特征为基础的经典微生物分类学的新水平。微生物分类学的具体任务有3个，即对微生物进行分类、鉴定和命名。
微生物在种以上的系统分类单元也与其他生物一样被分成7级，即界、门、纲、目、科、属种。由于三域学说已被学术界公认，所以在最新的细菌分类系统中，原有的“界”已用“域”取代，种是基本分类单元，在 微生物中，他必须以一个活的典型菌株作为代表，以便交换和对比，这就是模式种或模式菌种。每个种都必须有一个公认的学名，它是由拉丁名或拉丁化的词组成。学名一般以双名法构成，也有三名法的。由于每种微生物都由无数的具体菌株所组成，而菌种间在许多非分类学特性状上常存在显著差别，因此，菌株的概念和其名称在微生物学工作中显得特别重要，它几乎成了学名中不可缺少的补充。
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