1，菌种，多是指国家指定的几个菌种保藏中心的成品菌种，在液氮状态下，盛放在安瓿管中。
企业生产按国家要求，必须要国家指定的菌保中心购买菌种，不得采用外来菌种。
一些分装企业多选择有扩繁能力的企业生产的高浓度的成品菌剂，用以添加勾兑。比如说，可以选择中国微生物菌种保藏中心的菌种。
2，菌种是指食用菌、工业菌、农用菌菌丝体及其生长基质组成的繁殖材料。菌种是从事微生物学及生命科学研究的基本材料，在医学领域中，诊断制品的制备，菌苗的生产、微生物致病性研究，药物的抑菌试验及药品微生物检验等都有一套完整的菌种菌种分为母种（一级种）、原种（二级种）和栽培种（三级种）三级。
用于发酵过程作为活细胞催化剂的微生物，包括细菌、放线菌、酵母菌和霉菌四大类。来源于自然界大量的微生物，从中经分离并筛选出有用菌种，再加以改良，贮存待用于生产。