菌种鉴定常采用以下分离方法：
子实体分离：种菇要选朵大盖厚，柄短，八九分成熟的优良品种。切去菇两基部，在无菌箱内以0.1％的升汞水浸几分钟，再用无菌水冲洗并揩干或用75％酒精棉球擦拭菌盖与菌柄2次，进行表面消毒。接种时，只要将种菇撕开，在萌盖和菌柄交界处或菌褶处，挑取一小块组织；移接 到PDA培养基上。置25℃左右温度下培养3-5天，就可以看到组织上产生白色绒毛状菌丝，转管扩大即得到菌种。如香菇、平菇等可以用此方法。
食用菌生产所用的菌种，是提供繁殖而分级制作的菌丝体培养物，相当于高等植物的种子。在自然界中，食用菌繁衍后代依靠孢子，孢子在适宜的环境下，萌发成菌丝体。菌丝体生长繁衍达到生理成熟后，在适宜的环境下，就可形成子实体。在人工栽培食用菌时，孢子虽然是它的种子，但人们至今都不用孢子直接播种，而是用孢子或子实体组织萌发而成的纯菌丝体作为播种材料。因此，通常所指的菌种，实际上是经过人工培养并进一步繁殖的食用菌的纯菌丝体。
菌核分离：茯苓、猪苓、雷丸等菌的子实体不易采集。而常见的是它贮藏营养的菌核。用菌核分离，同样可以获得菌种。方法是将菌核表面洗净，用酒精或升汞消毒后，切开菌核，取中间组织一小块，约黄豆大小，接种在PDA 培养基斜面上，保温培养。应注意的是，菌核是贮藏器官，大部分是多糖类物质，只含有少量的菌丝，因此挑取的组织块要大一些，如果组织块过小，则不易分出菌种。
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