临床微生物是一门实践性很强的学科。随着医学事业的发展和进步，微生物检验人员不仅要具备扎实的医学理论知识，同时也要有丰富的实践经验，结合联系临床，充分利用所学的微生物学知识和技术，不断提高快速、准确的诊断结果。应用简便的基本操作，选择合适的培养方法，结合先进、快速的鉴定技术和药物敏感试验方法，尽可能快地提供检验结果给临床，指导临床医师及时合理使用抗生素药物。
一、重视显微镜检查
对于留取标本进行革兰染色，一方面可以掌握标本质量以确定进行培养或重新留取标本;另一方面通过镜检对某些细菌可以作出初步分类。
对于脓性分泌物或穿刺液进行革兰染色镜检亦可作出大致分类或初步诊断。对泌尿系男性尿道和女性分泌物涂片革兰染色镜检，查到白细胞内或外有革兰阴性双球菌，是诊断淋病的重要依据。脑脊液墨汁染色检查新型隐球菌，对于临床诊断隐球菌性脑膜炎有重要价值。痰、胸水涂片抗酸染色查抗酸杆菌，对于诊断肺结核有重要意义。粪便球杆菌比例检查，对于肠道菌群失调的诊断有重要帮助。粪便暗视野检测弧菌的运动情况，对于霍乱的诊断有意义。
二、用显色培养基对微生物快速鉴定
在分离培养基中加入检测某些细菌特异性酶的底物（由产色基团和微生物代谢物如糖苷类，氨基酸或肽类两部分组成，通常为无色），在特异性酶作用下游离出产色基团并产生荧光或显示一定颜色，用紫外灯观察菌落产生的荧光或直接观察菌落颜色即可对细菌做出鉴定。
如CHRO真菌培养基:白色念珠菌（绿色），热带念珠菌（蓝色），克柔念珠菌（粉红色）。FGM培养基:大肠埃希菌（蓝色）。SSMAC培养基:耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的菌落为黄色。
三、免疫学检查技术
全自动酶免疫荧光法:如VIDAS全自动酶免疫荧光系统检测HAV，HBV，HIV，沙眼衣原体等。
胶体金标记酶免疫法:检测HAV，HBV，HIV，CMV，弓形虫等。
胶乳凝集法:用于检测肺炎链球菌，脑膜炎奈瑟菌A、B、C组，流感嗜血杆菌，隐球菌等。
明胶颗粒凝集法:用于检测肺炎支原体。
四、核酸探针
将一段已知顺序的单链核酸（DNA或RNA）加以标记（α32pdNTP，HdNTP，SdNTP）就成为核酸探针，可用来探测标本中与它具有互补的核酸碱基顺序。
应用PCR技术检测:结核分支杆菌，幽门螺杆菌，军团菌，支原体，衣原体，HBV，HCV，HIV，CMV等。
五、基因芯片技术利用
基因芯片技术检测标本中病原微生物已获得较大成功，如检测HIV基因，结核分支杆菌基因以及其它细菌基因分型，菌种鉴定，细菌耐药基因的检测等。
六、全自动微生物分析仪和全自动血培养仪
全自动微生物分析仪解决了微生物鉴定的繁琐问题，缩短了报告发出时间，全自动血培养仪的应用，为无菌体液（脑脊液，胸腹水，胆汁，关节液）的细菌分离提供了捷径，阳性率大大提高。
总之，微生物学检验技术应密切结合临床，在平时工作中不断学习、分析和总结，努力提高微生物检验的技术水平，快速准确地为临床提供病原学及药敏结果，指导临床合理利用抗生素，做好细菌耐药性监测、追踪和控制，以及流行病学特征分析研究工作，更好地为临床服务。
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